จากนโยบายของรัฐบาลที่ส่งเสริมให้มีการใช้ปุ๋ยอินทรีย์เพื่อลดการใช้ปุ๋ยเคมี ทำให้มีการผลิตปุ๋ยอินทรีย์หลากหลาย และวางจำหน่ายในท้องตลาดจำนวนมาก เพื่อให้การผลิตและจำหน่าย ปุ๋ยอินทรีย์มีคุณภาพ กรมวิชาการเกษตรได้ออกประกาศเรื่องมาตรฐานปุ๋ยอินทรีย์ พ.ศ. 2548 ลงวันที่ 2 มิถุนายน 2548 และจากการที่นักวิชาการของกรมวิชาการเกษตรได้สำรวจและเก็บตัวอย่างปุ๋ยอินทรีย์ในท้องตลาดและโรงงานผลิต ในพื้นที่ 18 จังหวัด จำนวน 328 ตัวอย่าง พบว่า
1) มีปุ๋ยอินทรีย์เพียง 2 ตัวอย่าง ที่มีคุณภาพตรงตามมาตรฐานกรมวิชาการเกษตร คิดเป็นร้อยละ 0.61 ของจำนวนตัวอย่างปุ๋ยอินทรีย์ทั้งหมด
2) มีปุ๋ยอินทรีย์ที่ไม่เป็นไปตามมาตรฐานกรมวิชาการเกษตร จำนวน 326 ตัวอย่าง คิดเป็นร้อยละ 99.39 ของจำนวนตัวอย่างปุ๋ยอินทรีย์ทั้งหมด เนื่องจากปริมาณอินทรียวัตถุน้อยกว่า 30 เปอร์เซ็นต์ ของน้ำหนัก และมีปริมาณธาตุอาหารรับรอง NPK ไม่ผ่านเกณฑ์กำหนด ซึ่งได้กำหนดค่า T-N, T-P2O5 และ T-K2O ไม่น้อยกว่า 1, 0.5 และ 0.5 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ และในจำนวนปุ๋ยที่ไม่ผ่านมาตรฐาน 326 ตัวอย่างนี้ มี 9 ตัวอย่างที่มีค่า T-N, T-P2O5 และ T-K2O สูงมากถึง 14.58, 10.63 และ 13.85 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ และมีค่าการนำไฟฟ้าสูงผิดปกติถึง 162 เดซิซีเมนต่อเมตร ซึ่งคาดว่าจะมีปุ๋ยเคมีผสมอยู่ด้วย
รายละเอียดกำหนดคุณสมบัติของปุ๋ยอินทรีย์ตามประกาศกรมวิชาการเกษตร (2 มิถุนายน 2548)
| ลำดับที่ | คุณลักษณะ | เกณฑ์กำหนด |
| 1 | ขนาดของปุ๋ย | ไม่เกิน 12.5×12.5 มิลลิเมตร |
| 2 | ปริมาณความชื้นและสิ่งที่ระเหยได้ | ไม่เกิน 35 เปอร์เซ็นต์ โดยน้ำหนัก |
| 3 | ปริมาณหิน และกรวด | ขนาดใหญ่กว่า 5 มิลลิเมตร ไม่เกิน 5เปอร์เซ็นต์ โดยน้ำหนัก |
| 4 | พลาสติก แก้ว วัสดุมีคม และ โลหะอื่นๆ | ต้องไม่มี |
| 5 | ปริมาณอินทรียวัตถุ | ไม่น้อยกว่า 30 เปอร์เซ็นต์ โดยน้ำหนัก |
| 6 | ค่าความเป็นกรด-ด่าง(pH) | 5.5-8.5 |
| 7 | อัตราส่วนคาร์บอนต่อไนโตรเจน (C/N) | ไม่เกิน 20 : 1 |
| 8 | ค่าการนำไฟฟ้า (EC : Electrical Conductivity) | ไม่เกิน 6 เดซิซีเมน/เมตร |
| 9 | ปริมาณธาตุอาหารหลัก | – ไนโตรเจน (total N) ไม่น้อยกว่า 1.0 เปอร์เซ็นต์ โดยน้ำหนัก – ฟอสฟอรัส (total P2O5)ไม่น้อยกว่า0.5 เปอร์เซ็นต์ โดยน้ำหนัก – โพแทสเซียม (total K2O) ไม่น้อยกว่า 0.5 เปอร์เซ็นต์ โดยน้ำหนัก |
| 10 | การย่อยสลายที่สมบูรณ์ | มากกว่า 80 เปอร์เซ็นต์ |
| 11 | สารหนู (Arsenic) แคดเมียม (Cadmium) โครเมียม (Chromium) ทองแดง (Copper) ตะกั่ว (Lead) ปรอท (Mercury) | ไม่เกิน 50 มิลลิกรัม/กิโลกรัม ไม่เกิน 5 มิลลิกรัม/กิโลกรัม ไม่เกิน 300 มิลลิกรัม/กิโลกรัม ไม่เกิน 500 มิลลิกรัม/กิโลกรัม ไม่เกิน 500 มิลลิกรัม/กิโลกรัม ไม่เกิน 2 มิลลิกรัม/กิโลกรัม |
สำนักวิจัยพัฒนาปัจจัยการผลิตทางการเกษตร กรมวิชาการเกษตร